به دنبال برگزاری همایش ها و نشست های متعدد با حضور اساتید حوزه و دانشگاه در مشهد مقدّس ایده ایجاد دبیرخانه دائمی همایش ملّی پژوهش های قرآنی حوزه و دانشگاه شکل گرفت تا فرصتی برای اطلاع رسانی، تبادل نظر و گسترش تحقیقات میان رشته ای در عرصه قرآن و علوم روز باشد.

در بخش علمی تلاش شد تا ابتدا پیشینه تحقیقات انجام شده در هر حوزه مورد بررسی قرار گیرد؛ که در این راستا کتاب های راهنمای پژوهش در قرآن و علوم روز تدوین شد و در بخش اجرایی با رایزنی های متعدد و انجام مکاتبه با سازمان ها، وزارتخانه ها، مراکز آموزشی و پژوهشی کشور مبنی بر مشارکت و معرفی نماینده تام الاختیار به دبیرخانه همایش؛ ستاد عالی همایش ملّی پژوهش های قرآنی حوزه و دانشگاه با حضور نمایندگان این مراکز شکل گرفت. که بیش از هفتاد نهاد به این مهم پاسخ مثبت دادند.

پس از برگزاری نشست های اولیه، پیش نویس سند همایش ملّی توسط شورای منتخب ستاد عالی (شورای سیاست گذاری) تهیه گردید تا پس از تصویب ستاد عالی محور برگزاری همایش ملّی قرار گیرد.این سند در ۳۸ بند و ۲۸ تبصره در روز جمعه مورخه ۱۹/۱۲/۸۴ به تصویب نهايي اعضاء رسید.

مراکز همکار در ستاد عالی همایش ملّی متشکل از مجلس شورای اسلامی، وزارتخانه های مرتبط، مراکز اجرایی و فرهنگی، دانشگاه های دولتی و آزاد، دانشگاه علوم پزشکی و مراکز پژوهشی حوزه و دانشگاه است.

تاکنون ستاد عالی نشست های متعددی را برگزار و ضمن بررسی و تصویب سند پیرامون نحوه برگزاری همایش و طرح های پیرامونی رایزنی های لازم به عمل آمده است.بر اساس سند همایش ملّی تاکنون حدود۴۰ کمیسیون تخصصی متشکل از نخبگان و فرهیختگان حوزه و دانشگاه در مراکز پژوهشی حوزه و دانشگاه با موضوعات ذیل تشکیل گردیده است.

*قرآن ، ادب  و هنر                        * قرآن و اقتصاد                                        *قرآن و جامعه شناسی

*قرآن و حقوق                              *قرآن ، روانشناسی و علوم تربیتی                     *قرآن و طب

*قرآن و علوم طبیعی                      *قرآن ، کلام ، فلسفه                         *قرآن ، مدیریت و علوم سیاسی